הכל התחיל ברופא בשם אדוארד באך שבמהלך עבודתו כרופא גילה שאופיו של מטופל משפיע על תגובתו לטיפול. דעתו היתה שהבעיה בטיפול הקונבציונלי היא שרופאים חונכו להתעלם מאישיות החולה והתרכזו אך ורק בגוף.

באך אף הושפע מההומאופתיה והתרשם מכך שהטיפול הוא אינדיבידואלי לאדם ולתופעותיו ולא המוני.
בשנת 1928 באך מצא את שלושת הפרחים הראשונים שלו ובהמשך גילה סה"כ 38 תמציות. על מנת להכין את התמציות משאירים את הפרחים בתוך מים בשמש ואח"כ מוציאים את הפרחים ומשתמשים בנוזל. כיום ישנה שיטה נוספת שבה מכינים חלק מהתמציות בתהליך הרתחה. בכל מקרה התמציות הנן טבעיות לחלוטין.
שיטת פרחי באך מסתמכת על הגישה שיש קשר הדוק בין הגוף והנפש. מחלה נגרמת כאשר אדם מתרחק מקולו הפנימי, דבר שמתחיל כבר בילדות. פרחי באך מקלפים את כל השכבות שנבנו סביבנו לאורך השנים ומחזירות את האיזון.
הטיפול הוא דרך הרגשי , אך בעקבות כך גם ישנם שינויים גופניים וטיפול בבעיות פיזיות.
התמציות של פרחי באך בטוחות לשימוש בכל הגילאים ובכל שלבי החיים (כגון הריון והנקה). הן לא מושפעות מתרופות אחרות (מלבד הומאופטיות ופסיכיאטריות) והן אינן ממכרות.
כל תמצית מתאימה לטיפוס או מצב מסוים. לדוגמא, תמצית BEECH מתאימה לאנשים ביקורתיים וחסרי סובלנות , אנשים שקשה לרצות אותם. טיפוס BEECH חושב שכולם נחותים ממנו. את התמצית ניתן לתת לאנשים שהם טיפוסים כאלו או לאנשים שנמצאים במצב של ביקורתיות יתר. כתגובה ללקיחת התמצית האדם יחווה יותר סובלנות והבנה לקשיי האחר.
בפגישה טיפולית בפרחי באך מתבצע תשאול עמוק שכולל את העבר הרפואי של המטופל והעבר הרגשי של המטופל. בסיום התשאול יקבל המטופל בקבוק טיפולי אותו הוא צריך ליטול כשבועיים.
בכל בקבוק טיפולי ניתן לשלב עד 6 סוגי תמציות שונות. את התמצית נוטלים בבליעה.
אורך הטיפול בפרחי באך תלוי במצבו של המטופל ובמודעות שלו. ככל שהאדם יותר מודע לעצמו הטיפול יהיה קצר יותר.